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    中棉所杜雄明研究員團隊構建棉花基因組變異綜合數據庫
    首頁 > 棉花資訊 > 科研信息  來源:國家棉花產業聯盟 | 2021-12-23
    導讀:近日,中國農業科學院棉花研究所杜雄明研究員團隊通過整合陸地棉( G. hirsutum )和亞洲棉( G. arboreum )的基因組、重測序基因型數據和表型數據,構建了界面友好、交互性強的棉花基因...

    近日,中國農業科學院棉花研究所杜雄明研究員團隊通過整合陸地棉( G. hirsutum )和亞洲棉( G. arboreum )的基因組、重測序基因型數據和表型數據,構建了界面友好、交互性強的棉花基因組變異數據庫(Cotton Genomic Variation Database,CottonGVD)。相關研究以“CottonGVD: A Comprehensive Genomic Variation Database for Cultivated Cottons”為題于2021年12月21日在線發表在《植物科學前沿(Frontiers in Plant Science)》雜志(IF=5.75)上。

    陸地棉和亞洲棉是棉屬兩大重要栽培種,近年來,通過深度“解碼”棉屬主要栽培種的群體基因組變異,結合表型數據,利用全基因組關聯分析(Genome-wide Association Study,GWAS)定位到一大批與棉花重要性狀密切關聯的遺傳位點。目前,雖然有大量棉花全基因組關聯分析結果發表,但缺乏一款綜合的可視化工具來對其進行全面展示,阻礙了其他研究者對重要性狀候選基因的發掘工作。通過對基因組變異數據、表型數據和全基因組關聯分析結果進行整合、存儲和展示,將有效地提高這類數據利用效率,進而促進棉花重要性狀的遺傳改良。

    棉花基因組變異數據庫整合了杜雄明團隊近年來發表的栽培棉群體基因組變異信息和全基因組關聯分析結果。利用該數據庫,棉花科研工作者可以高效地對感興趣性狀的關聯候選區間進行可視化分析,進而快速確定候選基因并開展進一步的功能驗證工作。此外,數據庫還提供了一系列功能強大的各類檢索、瀏覽和輔助分析工具。棉花基因組變異數據庫將持續進行數據和功能更新,便于為廣大棉花科研工作者提供更好的服務,有效地銜接種質資源鑒定與功能基因發掘,以及分子標記輔助育種工作。

    該研究得到了國家自然科學基金(31122062),農業部棉花種質資源精準鑒定工程(19211122)和國家重點研發計劃(2016YFD0100203和2016YFD0100306)的資助。中棉所高層次人才彭振博士和助理研究員李洪戈為該論文共同第一作者,杜雄明和何守樸研究員為共同通訊作者。

    棉花基因組變異數據庫網址:http://db.cngb.org/cottonGVD

    原文鏈接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.803736/full

    CottonGVD網站首頁.jpgCottonGVD網站首頁

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